Die Jenaer Sinfonie wurde 1909 von dem Musikwissenschaftler und Theologen Fritz Stein in der Jenaer Universitätsbibliothek entdeckt. Dieser schrieb sie zunächst dem jungen Beethoven zu, da auf einer der gefundenen Stimmen der zweiten Violine par Louis van Beethoven zu lesen war. Diese Annahme wurde durch eine Äußerung Beethovens gestützt, er habe sich einmal an einer Sinfonie in C-Dur nach dem Vorbild der Sinfonie Nr. 97 von Joseph Haydn versucht. Und die in Jena gefundene Sinfonie zeigte tatsächlich Ähnlichkeiten mit diesem Londoner Werk Haydns.

Ein halbes Jahrhundert lang wurde sie in der Folge unter Beethovens Namen gespielt. Max Reger arrangierte diese Sinfonie für Klavier zu vier Händen und die Musikwissenschaft beschäftigte sich kritisch mit dem Werk: Man stritt zwar, ob das Werk wirklich von Beethoven stamme, bescheinigte ihm aber allgemein eine hohe Qualität.

Erst 1968 gelang es H. C. Robbins Landon nachzuweisen, dass die Sinfonie ein Werk Friedrich Witts ist, als er eine weitere Kopie der Sinfonie in den Archiven von Stift Göttweig fand, die von Witt eigenhändig signiert ist. Die Sinfonie wurde 1911 von Breitkopf & Härtel im Druck veröffentlicht.