Nach Scheidig 1928 (s. Literatur), dessen Ergebnissen sich die Mehrheit der Forscher seither im wesentlichen angeschlossen hat, ist der ältere Teil der Weltchronik, von dem nur Bl. 1–103, 121–122 erhalten sind, zusammen mit dem von Otto selbst konzipierten Bilderzyklus eine Abschrift des 1157 Kaiser Friedrich I. gewidmeten Exemplars; diese Abschrift sei kurz vor 1177 wahrscheinlich in Schäftlarn nach einer Freisinger Vorlage entstanden, die nach Weggabe des Originals an Friedrich I. dort verblieben sei. Nach Klemm 1988 (s. Literatur) ist die Lokalisierung der Handschrift nach Freising oder Schäftlarn aus stilistischen Gründen jedoch nicht aufrechtzuerhalten. Nilgen 1994 (s. Literatur) plädiert für eine Ausweitung des Datierungszeitraums auf die Jahre 1157–1185 und vermutet aufgrund ihrer Forschungsergebnisse, dass die Handschrift im südwestdeutschen Reichsgebiet für einen bedeutenden weltlichen Auftraggeber, nicht aber den Kaiser, angefertigt worden sei. Die Beschaffenheit der Handschrift vor der Umarbeitung spiegelt die in die Jahre 1227–1241 datierbare (möglicherweise über eine Zwischenstufe erfolgte) Abschrift Rom Biblioteca Casanatense Ms. 372, deren Bilder jedoch bis auf die Rahmungen, Tituli und einige Namensangaben in den Bildflächen unausgeführt blieben (vgl. Scheidig 1928, Nilgen 1994, Meier 2005, s. jeweils Literatur). Die Umarbeitung der Handschrift durch Schreiber A erfolgte im Zisterzienserkloster Neuburg bei Hagenau im Elsass (gegründet 1133, aufgehoben 1790) um 1245–1250, unter Hinzufügung der Reinschrift der in Neuburg von ihm selbst überarbeiteten Annales Marbacenses; vgl. Deutinger 2000, Haller 1912 (s. jeweils Literatur); die Benennung geht auf Wilmans 1851/58 (s. Literatur) zurück, der die Handschrift irrtümlich für das Autograph eines Mönchs aus dem Augustinerchorherrenstift Marbach bei Colmar im Oberelsass (gegründet 1089, aufgehoben 1790) hielt. Folgende Veränderungen wurden bei der Umarbeitung an der Handschrift vorgenommen: Aus dem ursprünglich letzten Quaternio der Weltchronik Ottos von Freising wurden das auf Bl. 103 folgende zweite und dritte Doppelblatt mit dem Schluss des siebten Buchs und den üblicherweise hier folgenden Herrscherlisten bis einschließlich Sixtus II. und Valerian am Beginn der Papst-/Kaiserliste entfernt, das Ende des siebten Buchs ersetzt und das gesamte achte Buch sowie die Herrscherlisten bis zu Sixtus II. und Valerian angefügt (Bl. 104–120 = mit Bl. 103 die heutigen Lagen 14–15); das innere Doppelblatt des ursprünglich letzten Quaternios mit dem Ende der Papst-/Kaiserliste wurde weiterverwendet (Bl. 121–122 = Lage 16) und die Annales Marbacenses (Bl. 123–149) angeschlossen, zu denen ein kurzer Verbindungstext (122v) überleitet. Eine zeitgleich zu dieser Umarbeitung entstandene illuminierte Abschrift der Weltchronik Ottos ist Mailand Biblioteca Ambrosiana Cod. S. P. 48, Bl. 1–120 (frühere Signatur: F. 129 Sup.); dies geht aus der (bis hin zu den Textabbrüchen) völligen Übereinstimmung ihres Textbestandes mit dem heute erhaltenen des 12. Jahrhunderts in der Jenaer Handschrift hervor; nach A. v. Euw in: A. Legner (Hg.), Monumenta Annonis: Köln und Siegburg. Weltbild und Kunst im hohen Mittelalter, Köln 1975, S. 110 Nr. A 45 ist die Abschrift dem Straßburger Umkreis zuzurechnen; ausführliche Beschreibung der Zeichnungen in der Mailänder Handschrift bei M. L. Gengaro / G. V. Guglielmetti, Inventario dei codici decorati e miniati (secc. VII – XIII) della bibliotheca Ambrosiana, (Storia della miniatura 3), Florenz 1968, S. 100–103 und Abb. 97–99; vgl. auch Meier 2005, Nagel 2012 (s. jeweils Literatur). Die Handschrift befand sich schon zu Beginn des 14. Jh. in Straßburg; dies belegen die Nachträge von Straßburger Ereignissen zu den Annales Marbacenses (149v–150r) sowie die Benutzung der Annalen in dort entstandenen Chroniken.

25r am unteren Rand Besitzvermerk des 14./15. Jh., durch Wassereinwirkung nur am Anfang noch lesbar; Wortlaut nach Wilmans 1868 (s. Literatur), S. 105: Iste liber est domini Henrici archipresbiteri in Zabernia; mögliche andere Lesung des Namens bei Bloch 1908 (s. Literatur), S. 187 (nach Auskunft von Hofmeister): Herimanni; Wortlaut nach Haller 1912 (s. Literatur), S. 44 mit Anm. 1: Iste liber est fratris Heinrici ord. predic. in Zabernia, dessen Identität mit dem 1386 in einer Straßburger Urkunde erwähnten gleichnamigen Provinzialvikar der elsässischen Dominikaner er vermutet; unter Quarzlicht mit einiger Sicherheit jedoch nur lesbar: Iste liber est domini Heinrici archipresbiteri <...>.

1r in der unteren Hälfte Besitzvermerk: Codex iste pertinet ad bibliothecam magistri Wendalini Sprenger<i>; zu Wendalin Sprenger, Dekan an der Heiliggeistkirche in Heidelberg und kirchlicher Berater Ludwigs VI. von der Pfalz (1539–1583), vgl. G. Toepke, Die Matrikel der Universität Heidelberg von 1386 bis 1662, Bd. 2, Heidelberg 1886, S. 85 Nr. 78; J. F. Hautz, Geschichte der Universität Heidelberg, Bd. 2, Mannheim 1864, S. 414; zu Studium und Funktionen Sprengers an der Universität vgl. Toepke Bd. 1 (1884), S. 548 Nr. 21; Bd. 2, S. 85 Nr. 78, S. 450 Nr. 8, S. 454, S. 455–456 Anm. 11; H. Weisert, Die Rektoren und die Dekane der Ruperto Carola zu Heidelberg 1386–1985, in: Semper apertus. Sechshundert Jahre Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg 1386–1986, Bd. 4: Übergreifende Beiträge, hg. von W. Doerr, Berlin u. a. 1985, S. 380; aus Sprengers Besitz stammt auch Vatikan BAV Pal. lat. 1288 • von Johann Andreas Bose wahrscheinlich um 1649 im Elsass (Straßburg ?) gekauft; vgl. den Kaufvermerk: Jo. And. Bosius emi Argentinae a. 1649 auf dem Titelblatt seines Exemplars von Ch. Urstisius, Germaniae historicorum illustrium ... tomus unus, pars altera, Frankfurt 1585, in dem er S. 74–79 auf dem Rand des „Auctoris incerti fragmentum historicum“ die abweichenden Lesarten des Anfangs der Annales Marbacenses aus seiner Handschrift (123r–127v Z. 13) eingetragen hat • Hs. ist verzeichnet in Boses eigenhändigen Bibliothekskatalogen von 1652 ff. (Jena ThULB, Bibliotheksarchiv, AC II 2, Teil 2, 72r) und 1674 (ebd., AC II 3, 88v, Nr. 6) • von Christian Gottlieb Buders (?) Hand 1r Mitte Inhaltsvermerk zur Chronik Ottos von Freising sowie 123r am oberen Rand der Annales Marbacenses (unrichtiger) Hinweis auf deren Druck bei Urstisius • entliehen von J. W. v. Goethe vom 5. Juni bis 1. August 1820; vgl. K. Bulling, Goethe als Erneuerer und Benutzer der jenaischen Bibliotheken (Claves Jenenses 2), Jena 1932, S. 32 Nr. 60 mit S. 56 Anm. 19 und S. 52; zur Beschreibung der Handschrift durch Goethe und J. D. G. Compter nach einem von Goethe entworfenen Schema sowie zur Probekollation des Anfangs der Chronik Ottos von Freising durch Compter vgl. C. Schüddekopf, Goethe und die Gesellschaft für ältere deutsche Geschichtskunde, in: Goethe-Jahrbuch 21 (1900), S. 68, 73–83 mit Abdruck des Schemas S. 75–78; J. Hennig, A Note on Goethe’s Palaeographical Studies, in: Scriptorium 3 (1949), S. 129–131; Abbildung der ersten Seite der Probekollation bei A. Gawlik (Hg.), Zur Geschichte und Arbeit der Monumenta Germaniae Historica. Katalog zur Ausstellung anläßlich des 41. Deutschen Historikertages München, 17.–20. September 1996, München 1996, S. 16 Abb. 4.