Das um 1275 entstandene, von einem unbekannten Auftraggeber initiierte, aufgrund der Schreibsprache nach Thüringen zu lokalisierende Jenaer Martyrologium gilt als das älteste deutschsprachige Martyrologium. Es ist nur in Ms. Bos. q. 3 überliefert und handelt sich um die Abschrift einer deutschen Vorlage, die nicht vor 1220/30 entstanden sein kann und vermutlich um die Mitte des 13. Jahrhunderts anzusetzen ist. Der Einband ist über 200 Jahre jünger als der Buchblock.
Die Handschrift weist auf dem hinteren Buchdeckel Kettenspuren auf. Die Kette hatte sie in den 1530er Jahren in Wittenberg erhalten. Dort gehörte die Handschrift zur um 1500 vom sächsischen Kurfürsten Friedrich dem Weisen (1463-1525) begründeten Schloss- und Universitätsbibliothek (Bibliotheca Electoralis). Dies ist durch Hinweise an der Handschrift selbst - neben den Kettenspuren die typische Wittenberger Form und Beschriftung des Titelschilds auf dem Vorderdeckel ("Deutsch Martirologium auff Pergamen") -, vor allem aber durch entsprechende Einträge in Wittenberger Bibliothekskatalogen gesichert. Wann und wie die Handschrift nach Wittenberg gekommen war, lässt sich nicht rekonstruieren. Friedrich der Weise hatte mehrere Klöster aufheben lassen und deren Bibliotheken weitgehend umverteilt oder seiner Bibliothek einverleibt. Aus einem Kloster seines Herrschaftsbereiches könnte auch das Jenaer Martyrologium stammen. Im Jahr 1549 gelangte die Bibliotheca Electoralis und damit auch die Handschrift nach Jena. Die heutige "Ms. Bos."-Signatur der Handschrift verweist auf Johann Andreas Bose (1626-1674), einen Juristen und seit 1656 Professor für Geschichte in Jena, aus dessen Besitz viele Handschriften an die Jenaer Bibliothek gelangten. Doch stammt das Jenaer Martyrologium wie gesehen keinesfalls aus Boses Bibliothek. Die historisch unzutreffende Signierung erklärt sich daraus, dass von Jenaer Bibliothekaren um 1702/04 das Martyrologium irrtümlich den "Manuscripta Bosiana" zugeordnet wurde.
Es ist anzunehmen, dass das Jenaer Martyrologium seit dem 13. Jahrhundert in Thüringen vor einem geistlichen Publikum, das Latein nur unzureichend verstand, eingebunden in regelmäßige geistliche Verrichtungen wohl nach dem gemeinsamen Chorgebet von einem Vorleser oder einer Vorleserin in Abschnitten, die zum jeweiligen Festtag der Märtyrer passten, verlesen wurde. Leser verschiedener Jahrhunderte haben auf den ersten rund 30 Blättern der Handschrift kleine kalendarische Notizen gemacht: einzelne Silben eines Cisiojanus, in dem die Anfangsbuchstaben der Namen von Heiligen in der Reihe ihrer Festtage erscheinen.
Die Handschrift wurde im Jahre 1953 restauriert.